A Secretaria de Estado da Justiça e da Cidadania foi criada em 31 de dezembro de 2001, através da Lei  n° 317/2001. Esta lei foi o ponta pé inicial para uma moderna visão com relação a serviços a comunidade. A gestão do sistema penitenciário anteriormente sob a gestão da Secretaria de Segurança Pública passa a ser gerida pela Secretaria de Justiça e da Cidadania, SEJUC.

Desde sua criação até a data desta publicação passaram pela pasta 18 secretários de  estado.